พ.ศ. 2554 ธนากรได้ทำหน้าที่ร่วมสังกัดสโมสรฟุตบอลบางกอก เอฟซี ในการแข่งขันฟุตบอลเยาวชนชิงชนะเลิศแห่งประเทศไทย “โค้กคัพ” ครั้งที่ 16[12]

พ.ศ. 2555 เขาได้ย้ายไปเข้าร่วมสังกัดสโมสรฟุตบอลบีอีซี-เทโรศาสน[13]

วันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2558 เขาเป็นหนึ่งในผู้ทำประตูให้แก่ทีมชาติไทยรุ่นอายุไม่เกิน 22 ปี ในการแข่งขันนัดอุ่นเครื่องเมื่อครั้งที่พบกับทีมชาติปากีสถาน โดยทีมของเขาเป็นฝ่ายชนะที่ 2 ประตูต่อ 0[14][15] ส่วนในวันที่ 16 มีนาคม เกียรติศักดิ์ เสนาเมือง ยังได้วางแผนให้ธนากรได้ทำหน้าที่ร่วมกับอดิศร พรหมรักษ์ ในนัดอุ่นเครื่องกับทีมชาติพม่า[16][17] จากนั้น ในวันที่ 22 มีนาคม เขาได้ทำหน้าที่เป็นกัปตันทีม เข้าแข่งขันนัดอุ่นเครื่องกับทีมชาติเวียดนามรุ่นอายุไม่เกิน 22 ปี โดยทีมของเขาเป็นฝ่ายชนะที่ 3 ประตูต่อ 1[18][19][20][21]

นอกจากนี้ ยังมีรายชื่อของเขาในฟุตบอลทีมชาติไทยรุ่นอายุไม่เกิน 23 ปี สำหรับการเข้าแข่งขันฟุตบอลเอเชียเยาวชนอายุไม่เกิน 23 ปี 2016 รอบคัดเลือก[22][23][24][25] โดยถือเป็นหนึ่งในผู้มีส่วนสำคัญในการพาทีมชาติไทยเข้าสู่การแข่งฟุตบอลเอเชียเยาวชนอายุไม่เกิน 23 ปี 2016 รอบสุดท้ายได้สำเร็จในฐานะทีมที่ดีที่สุดอันดับสอง[26][27] เพื่อคัดเลือกทีมเข้าร่วมแข่งขันกีฬาฟุตบอลในโอลิมปิกฤดูร้อน 2016[28][29][30]